Bij een doorstroomsysteem stroomt het water (vaak rivierwater) van een hoger gelegen punt naar de visbassins. Via de bassins, stroomt het water terug naar de rivier. Als het water ongezuiverd wordt geloosd, kan dit negatieve gevolgen hebben voor het milieu. Zo kunnen te veel meststoffen in het rivierwater terechtkomen en bestaat er risico op verspreiding ziekten en ontsnappingen van vissen. De negatieve gevolgen zijn te beperken door het afvalwater te zuiveren. Een doorstroomsysteem heeft een betere beheersing van het negatieve effect op de omgeving dan bij kweek in kooien. Nadelen van een doorstroomsysteem zijn het hoge waterverbruikt, lozing van afvalwater in oppervlaktewater en kans op verspreiding van ziektes.