Kooien kunnen in rivieren of in zee worden geplaatst. Ze zijn verankerd aan de bodem en staan op plaatsen die beschut zijn tegen storm en hoge golven. Doordat de kooien in open verbinding met het omringende water staan, kunnen ziektes en parasieten eenvoudig overspringen naar wilde soortgenoten en omgekeerd. Chemicaliën, medicijnen en meststoffen komen direct in het omringende water. Gekweekte vissen ontsnappen vaak, omdat de netten gemakkelijk beschadigen. De meeste zalm wordt gekweekt in dit type
kweeksysteem.
Bij kooien is er snellere verspreiding ziekten en grote kans op ontsnapping van vissen. Daarbij komen afvalstoffen direct in het omringende water terecht.