Marlijnen zijn populair bij sportvissers en worden ook commercieel gevangen, onder andere voor sashimi en sushi. Hoewel er weinig gegevens beschikbaar zijn over de bestanden, is bekend dat verschillende soorten de afgelopen jaren zijn overbevist. Een recente beoordeling van de Atlantische blauwe marlijn laat zien dat het bestand nog steeds overbevist is en onder overbevissing staat.
Marlijn wordt veel gevangen als bijvangst in de visserij op tonijn en zwaardvis. De vangstmethoden hebben weinig effect op het habitat, maar de bijvangst van zeer kwetsbare soorten zoals haaien, zeeschildpadden en zeevogels kan groot zijn.
Omdat marlijnen over grote afstanden migreren, zijn internationale afspraken voor goed beheer noodzakelijk. Voor sommige soorten zijn herstelplannen opgesteld op basis van wetenschappelijk advies, maar het is nog te vroeg om te beoordelen of deze effectief zijn. De vangsten worden onderschat en het aantal waarnemers is laag, waardoor de visserij onvoldoende wordt gecontroleerd. Het beheer van deze soorten is daarom niet effectief.