Het bestand van de nijlbaars in het Victoriameer is de afgelopen jaren sterk overbevist. De biomassa neemt momenteel toe, maar deze toename bestaat vooral uit jonge vissen en er zijn duidelijke aanwijzingen voor overbevissing van volwassen paaiende vissen. De soort heeft een hoge veerkracht en wordt goed gemonitord.
Bij de visserij met pelagische beuglijnen worden haplochrominen als levend aas gebruikt. Deze soorten worden ook gebruikt als voedsel voor de nijlbaars en sommige zijn kwetsbaar of bedreigd, waardoor de vangst ervan gevolgen kan hebben voor het ecosysteem en kan bijdragen aan veranderingen in de voedselketen. De hoeveelheid bijvangst en discards is niet goed bekend. De beuglijnen raken de bodem niet en effecten op waterplanten zijn beperkt.
Het beheer van de nijlbaarsvisserij is gedeeltelijk effectief. Er zijn maatregelen om de visserijdruk te verlagen, naleving te verbeteren en illegale visserij tegen te gaan, maar illegale visserij blijft een probleem. Vooral het gebruik van haplochrominen als levend aas vormt een belangrijk aandachtspunt, waarvoor geen specifieke beheersmaatregelen bekend zijn. Betrokkenheid van vissers bij het beheer en de beschikbaarheid van actuele informatie kunnen verder worden verbeterd.