Er zijn geen betrouwbare gegevens over de bestanden van de Filipijnse tapijtschelp. De soort wordt in dit gebied overbevist.
Hoewel er weinig informatie beschikbaar is, heeft het wegvangen van schelpen een grote impact op het ecosysteem. Dreggen veroorzaakt daarnaast veel bodemberoering. Het aantal discards ligt hoog bij deze methode. Het is echter onbekend welke soorten gevangen worden als bijvangst.
Er bestaat een algemeen beheerplan voor deze soort, maar wordt tot op heden niet goed genoeg geïmplementeerd.