Het is onduidelijk hoe het met het bestand van de faraozeekat gaat. Er zijn vrijwel geen betrouwbare gegevens of bestandsschattingen beschikbaar en de visserijdruk is in delen van het verspreidingsgebied hoog. Door hun snelle groei kunnen faraozeekatten zich relatief snel herstellen, maar hun voortplantingsgedrag en paaitrek maken ze ook kwetsbaar voor overbevissing.
De impact van de vangstmethode verschilt sterk per visserij. Handlijnen en korven zijn selectief en hebben waarschijnlijk weinig gevolgen voor kwetsbare (ETP) soorten, het ecosysteem en de zeebodem; deze methodes scoren daarom ook als enige vaak groen. Schakelnetten en vooral sleepnetten kunnen zorgen voor veel bijvangst van kwetsbare soorten, schade aan de zeebodem en verstoring van het ecosysteem. Over de precieze ecologische impact ontbreekt vaak voldoende informatie, maar de risico’s zijn bij sleepnetvisserijen duidelijk groter dan bij handlijnen en korven.
Het beheer van de faraozeekat is over het algemeen onvoldoende. In veel gebieden ontbreken betrouwbare gegevens, bestandsschattingen en effectieve monitoring, waardoor duurzaam beheer moeilijk is. Maatregelen tegen illegale visserij, overbevissing en de impact op het ecosysteem zijn vaak beperkt of worden onvoldoende gehandhaafd.