Het bestand van kokkels in Nederland wordt jaarlijks beoordeeld en 2,5% van het beschikbare bestand mag worden bevist. Het bestand was in het voorjaar van 2020 het laagste sinds 2003, door een slechte broedval in 2018 en verhoogde sterfte in de zomer van 2019.
Bij de visserij met handmatig rapen zijn negatieve effecten op kwetsbare soorten onwaarschijnlijk en worden jonge kokkels vanwege hun lage commerciële waarde niet behouden. Handmatig rapen heeft geen effect op de bodem, terwijl handmatig harken voor mosselen slechts een klein risico voor bodemdieren vormt; kokkels zijn daarnaast een belangrijke voedselbron voor verschillende zeevogels.
Het beheer van de kokkelvisserij wordt lokaal uitgevoerd en omvat onder andere gesloten seizoenen, monitoring, controle en betrokkenheid van belanghebbenden. Het beheer wordt als effectief beoordeeld.