Het geelvintonijnbestand is zwaar overbevist. Het bestand is voorbij de biologisch veilige grenzen van een gezond bestand en de betrouwbaarheid van de bestandsschatting is echter zeer onzeker.
Daarbij is de vangstmethode met beugen (longlines) een niet-selectieve vangstmethode. De beugvisserij op geelvintonijn in de Indische Oceaan staat bekend om haar hoge bijvangst van jonge tonijnen en ongewenste soorten als zeeschildpadden, zeevogels en haaien. In het noordoosten van de Indische Oceaan, zijn haaibijvangsten waargenomen van 54% van het totale vangstgewicht.
De IOTCIOTC:
Indian Ocean Tuna Commission, een internationale organisatie die zich richt op het beheer van tonijn en tonijnachtigen in de Indische Oceaan en aansluitende zeeën. is verantwoordelijk voor het beheer van tonijn in de Indische Oceaan. Er zijn verschillende problemen rondom het beheer. Er wordt geen vangstlimiet vastgesteld en er bestaan geen effectieve middelen om de visserijdruk te controleren en te corrigeren. De illegale visserij op geelvintonijn is nog altijd aanzienlijk: 18-32% van de totale vangst. Maatregelen tegen ongewenste bijvangsten blijven uit. De IOTC heeft een resolutie opgesteld om het ontvinnen van haaien aan te pakken, maar door het ontbreken van controle en toezicht op zee heeft dit initiatief weinig effect.